Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου έχει αναλάβει την αρμοδιότητα διαχείρισης δράσεων του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη» (ΥΜΕΠΕΡΑΑ) 2014-2020. Οι δράσεις αφορούν στη διαχείριση υγρών και στερών αποβλήτων στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, με πόρους που ανέρχονται περίπου στα 14 εκατ. ευρώ, δημόσια δαπάνη που συγχρηματοδοτείται από το Ταμείο Συνοχής.
Η αρμοδιότητα διαχείρισης της έχει εκχωρηθεί με Απόφαση του Υπουργού Οικονομίας, Υποδομών, Ναυτιλίας & Τουρισμού, (ΦΕΚ 805/Β/6-05-2015).